肿瘤外科设有固定床位8张，专业医师包括主任医师、主治医师，收治各部位系统肿瘤，尤其是小儿实体瘤，包括神经母细胞瘤、畸胎瘤、腹膜后肿物、纵隔肿瘤、肝母细胞瘤、胰腺肿瘤、横纹肌肉瘤、纤维肉瘤、硬纤维瘤、脂肪母细胞瘤、原始性神经外胚层肿瘤、肾母细胞瘤、卵巢肿瘤、睾丸肿瘤等。结合我院基础在肿瘤病理、肿瘤分子生物学、肿瘤遗传基因等方面的研究，使肿瘤的研究和临床诊治有了很大提高，采用手术结合化疗等治疗措施，使肝母细胞瘤、神经母细胞瘤、原始性神经外胚层肿瘤、横纹肌肉瘤的治愈率有了很大提高。
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