负责建立健全本区生态环境基本制度。负责本区生态环境问题的统筹协调和监督管理。负责监督管理本区污染减排目标的落实。负责提出本区生态环境领域固定资产投资方向、规模建议。负责本区环境污染防治的监督管理。指导协调和监督本区生态保护修复工作。负责本区辐射安全的监督管理。负责本区生态环境准入的监督管理。负责本区生态环境监测和信息发布工作。开展本区应对气候变化工作。组织开展本区生态环境保护督察工作。负责本区生态环境保护宣传教育工作。开展本区生态环境科技和国际合作交流工作。负责组织开展生态环境监督执法。负责指导、监督检查各街镇生态环境工作。完成区委、区政府交办的其他任务。
一、内设机构
办公室（应急管理科）：负责机关日常运转工作，负责文电、会务、机要、档案、外事等工作；承担信息、信访、建议议案提案办理、安全、保密、政府信息公开、信息化建设等工作；承担重要事项的组织和督查工作；承担机关及所属单位财务、国有资产管理、内部审计等工作；承担重要文稿的起草工作；组织、指导本系统调查研究工作；负责生态环境应急管理工作。
综合科：拟订本区生态环境政策措施，协调和审核生态环境专项规划；实施生态环境保护目标责任制，拟订并组织实施生态环境保护年度目标和考核计划；承担生态文明体制改革相关工作；组织开展生态环境形势分析；参与生态保护补偿工作；落实污染源综合管理方面法律法规、政策措施；负责污染源综合管理相关工作；负责制定重点行业污染防治政策，并组织实施；组织开展污染物总量减排、环境统计、污染源普查等工作；参与促进清洁生产；负责处理区委生态文明办日常事务;负责生态环境保护重大课题的调查研究，并提出政策建议。
法制宣传科：负责机关推进依法行政综合工作；负责行政执法工作的监督、指导和协调；承担机关行政规范性文件的合法性审核和有关备案工作；承担行政复议、行政赔偿和行政应诉的有关工作；牵头指导实施生态环境损害赔偿制度；制定本区生态环境保护宣传教育纲要，并组织实施；承担生态环境新闻审核和发布；组织生态环境舆情收集、研判、应对工作；开展生态文明建设和环境友好型社会建设的宣传教育工作；负责推动社会组织和公众参与生态环境保护。
行政审批科：负责本部门行政审批工作；负责制定本部门行政审批项目的办理流程、审批标准、质量标准及规范并组织实施；承担本部门行政审批事项的受理、审核、审批、送达及咨询等工作；按权限审批规划和建设项目环境影响评价文件；组织开展排污权交易等工作。
环境保护督察科：负责本区生态环境保护督察工作的综合协调；研究拟订本区生态环境保护督察规章制度、规划计划；负责中央、北京市生态环境保护督察期间的协调联络工作；组织中央和北京市生态环境保护督察反馈情况的整改落实；根据授权对各街镇和相关部门贯彻落实生态环境保护决策部署情况进行督察问责。
大气生态环境科（应对气候变化科）：负责本区大气污染防治的监督管理；组织落实大气污染防治方面的法律法规、政府规章、政策标准；负责拟订大气污染防治规划、年度计划以及控制大气污染阶段性目标和防治措施，并组织实施；建立空气质量保障机制，并组织实施；建立对各街镇大气环境质量改善目标落实情况考核制度；承担北京市海淀区空气重污染应急指挥部办公室的日常工作；组织生态环境保护科学研究；参与促进循环经济和生态环保产业发展；组织拟订应对气候变化和温室气体减排的规划、政策、措施，并协调实施；负责本区温室气体排放清单编制及控制温室气体排放目标考核工作；组织实施清洁发展机制工作。
水和自然生态环境科：负责会同有关部门拟订本区水生态和自然生态环境保护方面的政策措施、规划标准，并组织实施；监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；负责自然保护地、生态保护红线相关监管工作；会同有关部门落实本市生物多样性保护、生物遗传资源保护、生物安全管理工作要求；负责本区地表水、地下水生态环境监督管理；组织落实本市重点流域、饮用水水源地生态环境规划和水功能区划，草拟本区相关文件，并监督实施；建立街镇水体断面水质考核制度，并组织实施；监督管理饮用水水源地环境保护工作；监督防止地下水污染；负责入河排污口设置管理；承担水污染防治协作、联防联控工作。
土壤和固体废物生态环境科：负责本区土壤、固体废物、化学品、重金属污染防治和生态保护的监督管理；贯彻落实土壤、固体废物、化学品、重金属污染防治方面的法律法规、政策标准；组织指导农村生态环境保护工作，监督指导农业面源污染治理工作；组织落实固体废物转移许可、危险废物经营许可等环境管理制度。
辐射安全与噪声监管科：负责本区辐射安全和光污染防治的监督管理；组织落实辐射环境保护、放射安全防护、电磁辐射防护、光污染防治和噪声污染防治等方面法律法规、政策标准；配合相关部门开展辐射环境监测和重点辐射源的监督性监测；参与有关核安全管理工作；组织开展辐射事故的应急、调查处理、定性定级工作；会同相关部门做好生产、生活、施工、交通等噪声污染防治工作。
组织人事科（党建工作科）：承担机关及所属单位人事、机构编制管理工作。承担落实全面从严治党主体责任、党风廉政建设主体责任的具体工作，负责做好机关及所属单位党建工作。负责机关及所属单位退休人员管理工作。
二、直属机构
北京市海淀区环境保护监察支队：负责法律、法规、规章规定的由区级生态环境行政机关行使的行政处罚职责以及相关的行政强制、监督检查等职责（机动车除外）。
三、事业单位
北京市海淀区环境监测站：负责辖区内环境质量监测；执行北京市生态环境局和海淀区生态环境局下达的年度指令性监测工作；负责海淀区年度环境状况公报、年度环境质量报告书的编制及环境影响预测分析；负责辖区污染源的监督性监测、突发污染事件应急监测、建设项目竣工验收监测以及其他污染调查、信访、投诉等相关监测；负责辖区内各项环境要素（包括大气、水、噪声、土壤等）的常规监测分析；负责环境监测方法的开发研究。
海淀区机动车排放管理站：负责辖区内机动车尾气排放、施工机械排放的监管工作；会同有关部门对辖区内机动车尾气排放进行道路检查、入户抽检，并对群众举报冒黑烟车辆进行检查；负责辖区内机动车尾气排放检测场尾气检测工作的监督指导和机动车环保标志的发放。
