北京市第三十九中学是一所历史悠久的普通完全中学。其前身是光华女中、耕莘中学（两所寄宿制教会学校），1952 年由北京市人民政府接管后，正式命名为北京市第三十九中学。80年的历史积淀，使学校有着优良的教育传统，多年来为国家培养了数以万计的优秀人才。
北京市第三十九中学现校舍，是近年内市区两级政府投资9千万元，于2002年8月建成的一个以六层教学大楼为主立体建筑的新校舍，总占地面积约1.3万平方米，主体建筑的使用面积 18000 m2，可容纳32个教学班，内有化学实验室、物理实验室、生物实验室各3个，总面积900平方米。计算机房、美术、音乐、历史、地理、观摩、多媒体等专用教室10个，总的面积950 m2。楼内设有图书馆350 m2、阅览室300m2 教师电子备课室、学生电视台、多功能厅、报告大厅、形体健身房、体育馆、游泳馆，及可供全校师生千人用餐的食堂。院内有4749 m2环形塑胶跑道，人工草皮操场和998 m2羽毛场，与六层教学大楼竟相辉映，气派非凡。
学校有专任教师70人，高中34人，初中36人，高级职称教师约占40%，近年来学校吸收了一大批具有较强...
以人为本，和谐兴校，一切为了学生的发展。
学校教风严谨，管理严格，对教师教学业务提出明确要求，“六大教学基本功，九项常态课堂教学标准和十三条教学能力，”实现人人达标。并要求教师认真履行岗位职责，模范遵守职业道德规范。在全校师生的共同努力下，学校教育教学质量逐年提高，中考、会考、高考的某些学科成绩达到同类校的较高水平。 学生素质明显改变，在市区举行的各项知识技能比赛中，多名学生多项获奖。学校先后被确定为“中国青少年素质教育研究实践基地”，“北京市西城区心理教育特色校”、“涉台教育试点校”、“教学管理达标校”、“北京市西城区联合国教科文组织可持续发展实验校”。
"健康第一"是学校工作的指导思想，1999年、2000年分别通过了健康促进学校铜牌和银牌验收，2002年3月通过北京市健康促进学校验收。2000年被命名为中国青少年素质教育研究实践基地，2001年被命名联合国教科文组织EPD项目实验学校。2002年被命名为北京市心理教育实验学校。
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