1998年，根据国发96号文件精神，汪水明校长创建了这所教育体制改革初中试验校。创建初期，学校空楼一座，荒草一片。由于体改校办学经费自筹，经纶人白手起家，凭着创业者的精神，硬是将当年黄土露天、满目萧然的操场和徒有四壁的教学楼建设成为今天这绿茵环绕、一步一景、现代化教学设施一应俱全的一座花园式学校。给学生创造了学习、生活、发展的良好空间。这期间，学校的固定资产增长了6.75倍。全校从最初的8个教学班，扩充到18个、32个，最高达到44个教学班；学生从400多名到2000多名；教职员工从24名到150多名；教育教学稳步发展，办学质量逐年提高。
2010年1月，学校从体制改革试验校转为公办校。学校由原来的一个校区增加为两个校区——东湖湾校区和原南湖东园校区，办学规模进一步扩大。转公办之前，陈经纶分校可以自主招生，学生压力比较大但教学质量也很高。转为公办校之后，生源质量受到一些影响，所以2013年的中考成绩就变成了检验陈分转公办后学校实力的一个重要标准。
学校教育成果显著。7年来，学校、教师和学生都取得了优异的成绩。学校工作整体推进：自1998年创建至今...
一条主线:以爱国主义教育为主线。
一个坚持:坚持把养成教育、责任教育和心理健康教育融入德育实践。
三个结合:思想政治教育和学科教学相结合;
思想政治教育和科技、艺术教育相结合;
思想政治教育和社会实践相结合。
四项任务:创设生动和谐、主动发展的育人 氛围.
向上的班级精神，不断提升道德修养.
培养良好的习惯、健全的人格和健康的 心理.
培养科学精神和实践能力，完成\"做 人\"与做事\"的生命奠基.
高级中学录取率 (历年均为100%),重点高中录取率 88% 83% 86% 88% 87% 92.5%93.04% 96.0%
截至06届为止，陈经纶分校为市级重点高中输送了一大批优秀学生，其中北京四中203人，人大附中18人，北师大实验中学34人，北京八中20人，师大二附中55人，北京二中120人，北京五中91人，八十中学519人，陈经纶中学418人等等。
语文教学注重语文素质提高，激发语文学习兴趣，培养语文学习习惯，搭设个性发展平台，开发语文教学资源，切实实现资源共享。
数学教学以激趣质疑为切入点，把握知识形成过程，全面提高学生思维能力。
外语教学通过一纲多本的教材体系和注重语言交际应用能力培养的教学特色，提高学生灵活运用语言的综合（听、说、读、写）素质。
物理教学紧紧抓住预习环节，促进学生由“学会”向“会学”转化，培养学生自主学习的能力。
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